湖州师范学院可持续发展研究院前身为2017年成立的湖州师范学院“两山”重要思想研究中心，2018年更名为“两山”理念研究中心，2019年10月整合原“两山”理念研究中心、中国生态文明研究院、湖州农村发展研究院、湖州发展研究院等校内机构成立“两山”理念研究院，同年12月获批浙江省新型高校智库，2022年组建国际化的“两山”智库联盟，2023年，“两山”理念研究院整建制进入可持续发展研究院。
可持续发展研究院坚持以习近平生态文明思想为指导，依托绿水青山就是金山银山理念诞生地，聚焦国家战略和区域发展需求，秉承研习“两山”理念、谋划绿色发展、服务生态文明、助推国际传播的宗旨，围绕新时代可持续发展的重大理论与实践问题，开展前瞻性、综合性、应用性研究，形成绿色低碳与生态文明、乡村振兴与共同富裕、数字科技与可持续发展、“两山”转化与实践创新等四个研究方向，努力建成服务国家可持续发展议程创新示范区的新型高端智库、理论创新基地、成果转化平台、传播展示窗口、合作交流中心。
近五年，研究院持续推进理论研究指导实践，获得省部级及以上领导批示15项，其中，正省级领导批示3项；提交国家级领导内参7项，主持中央农办等国家部委委托项目9项。研究院2019年入选浙江省新型高校智库，2023年在浙江省新型高校智库建设绩效评估中获评A级。